Ayasofya’nın tarihine kısaca göz atmak gerekirse; Ayasofya Camii'mizin yerinde ilk mabed, ahşap kilise olarak, miladi 360'da yapılmış, 404'de bir ayaklanmada yakılmıştır. 416'da tekrar inşa edilmiş, 532 de yine yakılmıştır. 537'de ufak kubbeli bir halde inşa edilmiş, 561'de ise bugünkü kubbesi büyütülmüş, içerisi de son derece kıymetli altın ve gümüş gibi eserlerle tezyin edilmiştir. Batılı emperyal ülkelerin 4. Haçlı seferinde, İstanbul'u işgal edince, Ayasofya, şehrin bütün zenginlikleri gibi, tamamen yağma edilmiştir, harabeye çevrilmiştir. 1261'de Bizanslılar, şehri Frenklerden geri alınca, kiliseyi tamir etmişlerdir. 1346'da büyük kubbe çökmüştür. 1356'da yeniden yapılmıştır. 1402'de kilise tamamen haraptı ve kubbe kısmen çökmüştü. Sultan II. Mehmed Istanbul'u fethettiği zaman Ayasofya böylesine harap haldeydi.

Osmanlı İmparatorluğu'nun 7. padişahı II. Mehmet'in 29 Mayıs 1453'te İstanbul'u fethiyle 916 yıl kilise olarak hizmet veren Ayasofya, camiye dönüştürülmüş oldu.

Fetihle birlikte "Fatih" unvanını alan Fatih Sultan Mehmet, fetihten sonraki ilk cuma gününde cuma namazını Ayasofya'da kılarak camii hüviyetini kazandırmıştır.

Ecdadımızın cari âdetine göre, bir şehir fetholunduğunda, fethi yapan Hünkâr veya Kumandan, ancak Cuma günü şehre girer, o zamana kadar mahallin Cami haline çevrilen en büyük kilisesinde, Cuma namazını eda ederlerdi. Fatih Sultan Mehmed de, 30 Mayıs cuma günü şehre girdi. Ayasofya kilisesi temizlenmiş, kubbenin sağlam kalmış kısmının altı namaz kılınacak hale getirilmiş, muvakkat bir mihrab oturtulmuştu. Akşemseddin Hazretlerinin imametinde, Fatih Sultan Mehmed Cuma namazını eda ettiler. Bu andan itibaren Ayasofya kilisesi, Ayasofya Camiine dönüşmüştür.

Fatih Sultan Mehmet, Ayasofya'yı camiye çevirdikten sonra en önemli gelir kaynaklarını aktardığı Ayasofya Camisi Vakfı'nı kurmuştur.
İstanbul Fatihi Sultan Mehmed Han, Ayasofya Camii'nin ve vakfının korunmasına ilişkin yayınladığı vakfiyesinde şu ifadeler bulunuyordu;

"Allah'ın yarattıklarından Allah'a ve O'nun rüyetine iman eden, ahirete ve onun heybetine inanan hiçbir kimse için, sultan olsun melik olsun, vezir olsun bey olsun, şevket ve kudret sahibi biri olsun hâkim veya mütegallib olsun, özellikle zâlim ve diktatör idareciler tarafından tayin olunan, fâsid bir tahakküm ve bâtıl bir nezâret ile vakıflara nâzır ve mütevelli olanlar olsun ve kısaca insanlardan hiçbir kimse için, bu vakıfları eksiltmek, bozmak, değiştirmek, tağyir ve tebdil eylemek, vakfı ihmal edip kendi haline bırakmak ve fonksiyonlarını ortadan kaldırmak asla helal değildir! Kim ki, bu vakfın şartlarından birini değiştirirse veya kanun ve kurallarından birini tağyir ederse; vakfın tebdili ve iptali için gayret gösterirse; vakfın ortadan kalkmasına veya maksadından ve gayesinden başka bir gayeye çevrilmesine kast ederse, açıkça büyük bir haramı işlemiş olur, günahı gerektiren bir fiili irtikâb eylemiş olur. Allah'ın, meleklerin ve bütün insanların laneti üzerlerine olsun. "Ebeddiyyen Cehennemde kalsınlar, onların azapları asla hafifletilmesin ve onlara ebeddiyyen merhamet olunmasın. Kim bunları duyup gördükten sonra değiştirirse, vebali ve günahı bunu değiştirenlerin üzerine olsun. Hiç şüphe yok ki, Allah her şeyi işitir ve her şeyi bilir."

Fatih Sultan Mehmet handan sonra gelen Osmanlı padişahları da Ayasofya camiisi için gereken ihtimamı ve özeni göstermişlerdir.

Ayasofya'ya bir minber ve mihrap yaptıran Fatih Sultan Mehmet, ayrıca medrese, kütüphane ekletti. Ayasofya'nın ilk minaresi de Fatih Sultan Mehmet döneminde yapıldı. II. Beyazıt (1481-1512) camiye beyaz mermerden bir mihrap ve kuzeydoğu köşesine bir minare ekletti. Kanuni Sultan Süleyman (1520-1566) fethettiği Macaristan'daki getirdiği iki kandili Ayasofya'ya hediye etti. Ayasofya, II. Selim döneminde (1566-1574) yorgunluk ya da dayanıksızlık belirtileri gösterdiği için dünyanın ilk deprem mühendislerinden biri sayılan Osmanlı başmimarı Mimar Sinan tarafından eklenen dış istinat yapılarıyla takviye edilerek, son derece sağlamlaştırıldı. Bu istinat yapılarıyla birlikte Sinan ayrıca kubbeyi taşıyan payeler ile yan duvarlar arasındaki boşlukları kemerler ile besleyerek kubbeyi iyice sağlamlaştırdı.

Osmanlı döneminde eklenen diğer yapılar

Ayasofya'nın içine Osmanlı döneminde eklenen diğer yapılar arasında mermerden minber, hünkar mahfiline açılan galeri, müezzin mahfili, vaaz kürsüsü yapıldı. III. Murat (1574-1595), Bergama'da bulunan Helenistik dönemden kalma (MÖ IV. yüzyıl) Bektaşi taşından yapılma iki küpü, Ayasofya'nın ana salonuna yerleştirdi. I. Ahmet (1603-1617) devrinde geniş çaplı tamir ve bakım çalışması yaptırıldı, mihraba besmele yazdırıldı. IV. Murat (1623-1640) devrinde Ayasofya'nın içi hat levhalarla süslendi. III. Ahmet (1703-1730) döneminde Ayasofya'nın hünkar mahfili yenilendi, cami ortasına büyük bir top kandil asıldı, yine genel bir tamir ve bakım yapıldı. I. Mahmut, 1739'da binanın restore edilmesini emretti ve bir kütüphane ile binanın yanına bir medrese, bir imarethane ve bir şadırvan ekletti. III. Selim (1789-1807) Ayasofya'da bulunan halıların tamamını değiştirdi, Mehmet Esad Yesari hattı ile yazılmış iki levha astırdı. II. Mahmut (1808-1839) döneminde Ayasofya'da büyük çaplı tamir ve bakım çalışması yapıldı. Ayasofya'nın Osmanlı dönemindeki en ünlü restorasyonlarından biri Sultan Abdülmecit'in emriyle mimar Fossati kardeşler tarafından 1847-1849 yılları arasında gerçekleştirildi. Kubbe, tonoz ve sütunları sağlamlaştırıldı ve binanın iç ve dış dekorasyonunu yeniden elden geçirildi. Üst kattaki galeri mozaiklerinin bir kısmı temizlendi, çok tahrip olanları ise sıvayla kaplandı ve altta kalan mozaik motifleri bu sıva üzerine resmedildi. Işıklandırma sistemini sağlayan yağ lambası avizeleri yenilendi. Kazasker Mustafa İzzed Efendi'nin (1801–1877) eseri olan, önemli isimlerin hat sanatıyla yazılı olduğu yuvarlak dev tablolar yenilenip sütunlara asıldı. Sultan Abdülaziz (1861-1876) ve II. Abdülhamit (1876-1909) devirlerinde de Ayasofya camii'de önemli onarım faaliyetleri gerçekleştirildi.

Fatih Sultan Mehmet han başta olmak üzere birçok Osmanlı padişahı da Ayasofya Camii için kubbeden minareye, minberden müezzin mahfiline kadar birçok yerinde yeni eklemeler ile bugünkü halini ülkesine hediye etmişlerdir. Her dönemin padişahları özel ilgi, destek ve bakım onarım hizmetini eksiksiz sağlamışlar.

Ayasofya 24 Kasım 1934’ te Atatürk’ün önerisi ve Bakanlar Kurulu kararı ile müzeye dönüştürülerek 1 Şubat 1935’ te ziyarete açılmıştır. Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk'ün verdiği izin sonrası başlayan çalışmalar 15 yıl sürdü ve 1947'de tamamlandı.

Emperyal ülkelerin psikolojik baskıları, yönlendirmesi ve telkinleriyle o dönemin yönetimindekiler bir gafletle Osmanlı atalarımızın yadigarı Müslümanların ve Fethiin sembolü olan Ayasofya camii maalesef 1934 yılında müzeye dönüştürülmüştür.

Restorasyon bahanesiyle Fatihin nesline emanet ettiği Ayasofya camii binbir dümenlerle ibadete kapattırıldı…

Restorasyon senaryosuyla bir çağı kapatıp yeni çağı açan padişahın emaneti, sembolü gayri Müslümlerin ayakları altına atılmıştı…  Bakanlar Kurulu'nun 24 Kasım 1934 tarih ve 7/1589 sayılı kararıyla Ayasofya, müzeye dönüştürüldü. 1935 yılı başlarında ise Ayasofya camii olarak ibadete kapatıldı.
Bu muvakkat kapatılma tarihine kadar,  481 sene, cami Kur'an-ı Kerim tilaveti ve Ezan sesleri yankıları ile yaşamıştı…

İslam âleminin göz bebeği bu Camiin, ibadethane kısmının da ibadete kapatılarak buranın da müze olması, hem de Bizans Âsârı Müzesi olması fikrini ortaya atan işte bu insanlardır! Bu komisyonda bulunan sadece bir tek kişi bu fikre itiraz etmiş ve "ibadet kısmının aynen ibadete açık kalması gerektiğinde" ısrar etmiş ve muhalefet şerhi koymuştur. Bu anlayışı gösteren, ne hazindir ki, Alman Profesör Erckhard Ungar'dır!

Bu tarihten sonra iktidara gelen hiçbir hükümet cesaret edipte bu haksızlığa, yanlışa dur diyemediler…